Juana de Lestonnac nació en Burdeos en 1556, año en el que falleció Ignacio de Loyola en Roma. Era hija de Ricardo de Lestonnac, consejero del rey en el parlamento de Burdeos, y de Juana Eyquem de Montaigne, hermana del ilustre autor de los “Ensayos”. Los hijos del matrimonio Lestonnac-Eyquem fueron siete, de los cuales nuestra santa fue la primera.
En ese momento, en Francia reinaba Enrique II, de la casa de Valois, que tomó partido por Roma en las guerras de religión. Sin embargo, el calvinismo, a pesar de no contar con el apoyo real, se desarrollaba en Francia vigorosamente. Desde 1531, los hugonotes, como eran conocidos los calvinistas en Francia, venían trabajando activamente en Burdeos, influyendo muy notoriamente en el parlamento, en los conventos y en las mansiones señoriales. Entusiasmados por el atractivo de la novedad, tanto la nobleza como la burguesía y el pueblo corrían en masa a escuchar la predicación de los ministros de la Reforma, dejando desiertos los templos católicos. La osadía y al prepotencia llegó a ser tal que el Parlamento se vio obligado a intervenir para poner orden en la celebración del culto católico, pues los hugonotes habían tomado la costumbre de pasearse por la iglesia durante el mismo, haciendo un gran ruido.
En la familia Lestonnac-Eyquem se reflejaba esta división de la sociedad bordelesa. La madre de santa Juana había recibido la misma esmerada y original educación que su hermano Miguel, de tal manera que hablaba perfectamente el latín y el griego. Sin embargo, Juana Eyquem se distinguió de su hermano en que fue tenaz calvinista hasta su muerte. El calvinismo, por su moral austera y por el protagonismo que había concedido a la mujer, atrajo especialmente a algunas damas de Burdeos, las cuales acostumbraban a asistir al atardecer o por la noche a las reuniones de la Reforma sin que lo supieran sus maridos. Algunas se hacían acompañar de sus sirvientes o por sus propias hijas. Juana Eyquem de Montaigne fue una de ellas.
A raíz de la primera guerra de religión en Francia, los parlamentarios de Burdeos decidieron, de común acuerdo, expulsar a todo magistrado cuya esposa se hubiera pasado al calvinismo.
Por esta circunstancia, Juana Eyquem se vio obligada a simular su fe y decidió que su hija quedara al cuidado de su hermano Tomás, que había abrazado la Reforma y vivía no muy lejos de la ciudad de Burdeos. De ahí que Juana de Lestonnac conociera en su infancia los actos de
culto calvinista.
Sin embargo el padre de Juana, Ricardo, fue fiel al catolicismo y no renunció a que sus hijos fueran educados en la fe de la Iglesia católica. Avisado por su cuñado Miguel de la situación en que se encontraba su hija primogénita, hizo que la niña regresara a su hogar en Burdeos y le procuró una educación católica más firme.
En ese momento se produce un hecho que va a ser decisivo en la vida de santa Juana: los padres jesuitas llegaron a Burdeos con la intención de abrir un colegio. Ricardo de Lestonnac no dudó en confiarles la educación de sus hijos varones y fueron estos, especialmente su hermano Francisco, los que positivamente apuntalaron la fe firme de Juana.